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Die Freie Universität gehört zu den wissenschaftlichen Top-Adressen. Sie zählt zu den neun deutschen Hochschulen, die in der Exzellenzinitiative des Bundes und der Länder in allen drei Förderlinien erfolgreich abgeschnitten haben und deren Exzellenz-Zukunftskonzepte gefördert werden. Die Freie Universität kann sich somit als „Internationale Netzwerkuniversität“ im weltweiten Wettbewerb der Hochschulen positionieren. Zum Zukunftskonzept gehören drei strategische Zentren: für Clusterentwicklung, für internationalen Austausch und für Graduiertenstudien. In drei „Focus Areas“ – den Regionalstudien, den Geisteswissenschaften und den Lebenswissenschaften – werden Entwicklung und Evaluierung von Forschungsprojekten vorbereitet. Schnittstelle der internationalen Zusammenarbeit sind die Büros der Freien Universität im Ausland, etwa in New York, Peking und Moskau. Als Ergebnis der Exzellenzinitiative werden auch mehrere Graduiertenschulen gefördert sowie fachübergreifende Forschungsverbünde, sogenannte Cluster.